Das Mikrobiom bezeichnet die Gesamtheit aller Mikroorgansimen, die ein Biotop besiedeln. Zum intestinalen Mikrobiom gehören Bakterien, Pilze, Viren sowie Parasiten.

Der menschliche Körper besteht aus ca. 10 Billionen (10¹³) Zellen. Die auf der Haut, auf den Schleimhäuten und im Darm in der Symbiose lebenden Mikroorganismen erreichen eine Zahl, die 10-mal höher ist als die der menschlichen Zellen (10¹⁴).

Die Anzahl der Gene des Mikrobioms enthält etwa das 30-fache des menschlichen Genoms. So wundert es nicht, dass aufgrund der enormen Stoffwechselleistung der bakteriellen Masse des Darms, die ein Gewicht von ca. 1,5 kg aufbringt, die Stellung eines eigenständigen Organs zukommt.

Nach dem heutigen Stand der Forschung besiedeln mehr als 1000 unterschiedliche Bakterienspezies den Menschen und jeder Mensch beherbergt dabei mindestens 160 Spezies, die direkt oder indirekt an den physiologischen Prozessen wie Metabolismus, Immunität und Schutz vor anderen Pathogenen beteiligt sind.

Zu den wichtigsten Funktionen des Mikrobioms zählen neben der Verwertung der aufgenommenen Nahrung die Synthese lebenswichtiger Vitamine ( B1,B2, B6, B12 und K), die Produktion kurzkettiger Fettsäuren (Acetat und Butyrat), die als Energiequelle für die Darmschleimhautzellen dienen und das Darmmilieu mitbestimmen, die Förderung der Darmperistaltik über kurzkettige Fettsäuren, die Bekämpfung von Entzündungen, die Entgiftung von Fremdstoffen, die Unterstützung der Verdauung durch den Abbau schwer verdaulicher Ballaststoffe, die Stimulation des Immunsystems, die Verdrängung von Krankheitserregern und mehr.

Veränderungen des Darmmikrobioms stehen unter anderem mit Erkrankungen wie Darmentzündungen, Reizdarmsyndrom, Nahrungsmittelunverträglichkeiten, Darmkrebs, Fettleibigkeit, metabolisches Syndrom, chronischen Gelenkentzündungen und Formen der Demenz und Depression in Zusammenhang.